Ingénieur d'étude en bioinformatique
Contexte
Dans le cadre du Programme Régional CLIMIBIO (Contrat de Plan Etat-Région « Hauts de France » 2015-2020 et FEDER), l’équipe « Changements environnementaux et adaptation » de l’Unité de recherche Eco-Evo-Paléo (UMR CNRS 8198) recrute un ingénieur d’étude sur la thématique du WP5 « Étude des processus de recolonisation des friches industrielles par des espèces pionnières : origine et processus ».
Objectif : Comparaison de méthylomes chez Noccaea caerulescens, espèce de milieux fortement anthropisés.
Ce projet de recherche vise à tester l’hypothèse selon laquelle l’espèce Noccaea caerulescens serait capable de coloniser rapidement des milieux fortement anthropisés grâce à des mécanismes épigénétiques. Pour cela, des individus de milieux anthropisés et non anthropisés ont été cultivés en conditions contrôlées. Le séquençage de leur génome traité au bisulfite (afin d’identifier les sites méthylés sur la séquence d’ADN) et de leur transcriptome a déjà été réalisé. Il s’agit maintenant de mettre en relation ces deux informations par bioinformatique afin d’identifier des régions génomiques dont le profil de méthylation serait différent entre individus, et correspondrait en même temps à des variations d’expression sur des gènes particuliers.
Missions
- Stockage et gestion de données NGS
- Mise en relation de l’analyse de transcriptome avec les variations de profils de méthylation
- Alignement de génomes et de transcriptome
- Analyse de transcriptome
Modalités
La date d’embauche est prévue le 1er octobre 2017 pour une durée de 10 mois.
Lieu : Unité Evo-Eco-Paléo, UMR CNRS 8198, Bâtiment SN2, Université de Lille – Sciences & Technologies
Rémunération brute mensuelle chargée (charges patronales et salariales comprises) : 2800€
Contact
Hélène Frérot (helene.frerot@univ-lille1.fr)
